Asıl adı Ekber Haşimi Behremani olan Rafsancani, Kerman eyaletinin Rafsancan ilçesine bağlı Behreman köyünde 25 Ağustos 1934'te dünyaya geldi.
Maddi açıdan durumu iyi olan babası da din adamı olduğuna rağmen kentin en tanınan fıstık tacirlerinden biri olarak biliniyordu. Ekber ise onun 9 çocuğundan biriydi. Seyit olmadığına rağmen baba taraftan ceddinin Hac Haşem olduğu için ve tüm bölgede tanındığna göre Haşemi olarak adlandırıldılar.
Ayetullah Burucerdi, Ayetullah Golpayegani, Ayetullah Haeri Yazdi ve İslam İnkılabı kurucusu Ayetullah Humeyni gibi büyük dini alimlerin talebesi olan Haşemi Rafsancani, dini eğitimine 14 yaşında Kum kentinde başladı ve İçtihat derecesine ulaşmayı başardı.
İran devrimi (1979) öncesi Ayetullah Humeyni hareketine katılan Rafsancani, halkın sitemkar Şah Rejimi’ne karşı ayaklanmasında güçlü bir role sahipti ve İnkılap sonrasında ise bu yapıcı görevini devam ettirdi.
İran-Irak Savaşı (1980-1988) sırasında etkili rol oynadı ve Ayetullah Humeyni’nin en yakınları arasında yer almayı başardı ve 8 yıllık kutsal Savunma Dönemi’nde başarılı bir karneye imza attı ve dönemin Cumhurbaşkanı Ayetullah Hamanei’yle birlikte savaşı parlak bir şekilde komuta etmeyi başardı.
Yapılandırma Dönemi olarak bilinen 1989 ile 1997 yılları arasında iki dönem cumhurbaşkanlığı görevini yapan Rafsancani, İran'da Düzenin Maslahatını Teşhis Konseyi Başkanlığı'nı yürütüyordu.
İran İslam İnkılabı Rehberi Ayetullah Hamanei’nin bir açıklamasında kimsenin kendisine Haşemi Rafsancani kadar yakın olmadığına göre, Düzenin Maslahatını Teşhis Konseyi Başkanı’nın İnkılap Rehberine yakınlığı net bir şekilde anlaşılıyor.
Bugün akşamüstü bir anda kalp krizi geçiren Ayetullah Haşemi Rafsancani’nin durumu giderek kötüleşmeye başladı ve kaldırıldığı Tecriş Hastanesinde tüm müdahalelere rağmen kurtarılamadı. Böylece 82 yaşında Tahran’da vefat eden Ayetullah Hşaemi, İslam İnkılabı yolunda ömür boyu faaliyet ettikten sonra 10 Ocak Salı günü İran milletinin eşliğinde son yolculuğuna uğurlanacaktır.